Después de colonizar Borneo el Imperio de Sri Vishaya invadió las Filipinas. Su armamento y organización superiores les permitió conquistar a los primeros filipinos y muchos de ellos huyeron hacia islas mas distantes. Otros penetraron las montañas y los bosques para escapar de los invasores. No obstante muchos de ellos se quedaron, trabaron amistad con sus nuevos gobernantes y eventualemente las dos culturas se unieron.
El imperio Sri Vishaya produjo un gran impacto en el desarrollo de la cultura filipina. Además de ser diestros guerreros, granjeros y hombres de mar, ellos llevaron a las islas una civilización más avanzada, introduciendo nuevas leyes, el calendario, un alfabeto escrito, una nueva religión y el uso de pesas y medidas. La gente de Sri Vishaya se convirtió en el pueblo Visayano de la zona central de las Filipinas.
Otro gran imperio se formó en Java alrededor del siglo XII y se llamó Madjapahit. Influída por los misioneros árabes que estaban expandiendo la fe musulmana y que lo conquistaron a fines del siglo XV, el imperio Madjapahit avasalló al imperio de Sri Vishaya y propagó la religión musulmana en las Filipinas. Su gente se estableció mas densamente en la región meridional de las islas y se hizo conocer como el grupo de los moro-filipinos. Extremadamente independientes y orgullosos, aún subsisten como una cultura diferente.
